Flowcytometrie is een methode voor immunofenotypering van bloed, beenmerg, broncho-alveolaire lavage (BAL) of andere materialen (bijv. liquor of een klier).
Bij immunofenotypering worden de celmembraanstructuren van de bloedcellen in kaart gebracht. Verschillende bloedcellen hebben op hun celmembraan structuren (antigenen) die specifiek zijn voor het betreffende celtype. Doordat antistoffen specifiek binden aan deze antigenen, wordt een beeld verkregen van de samenstelling van antigenen op de bloedcellen.
Met behulp van deze fenotypering worden zogeheten ‘clusters of differentiation' gedefinieerd, die met een nummer worden aangeduid CD-markers. Door typering van deze verschillende CD-markers, kan onderscheid gemaakt worden tussen de verschillende witte bloedcellen en kan een hematologische maligniteit (o.a. leukemie/ lymfoon) worden aangetoond of uitgesloten.
Flowcytometrie wordt ook gebruikt voor follow-up bij HIV-patiënten. Hierbij wordt gekeken naar het absolute aantal T-cellen in het bloed.